Domingo 12 de noviembre
Encuentran armas en el Centro Loyola
El domingo 12 de noviembre, entre las nueve y las diez de la mañana, una patrulla militar, integrada por ocho o diez hombres, pidió permiso para examinar el lugar. Les acompañó Segundo Montes, uno de los jesuitas que serían asesinados tres días después. El P. Montes contó a los otros jesuitas que los soldados eran del batallón Belloso. Se limitaron a llevarse una bomba que no había hecho explosión, aparentemente abandonada por el FMLN y que los jesuitas habían encontrado cerca del portón de la Universidad.
El P. Ignacio Martín-Baró, otra de las víctimas, dejó en su ordenador una página en la que describía alguno de estos sucesos. "Desde ese momento", escribió, "un grupo de militares se ubicó a la entrada de las instalaciones universitarias, registrando a todo el que entrara o saliera y, desde el lunes, impidiendo la entrada o salida de toda persona". A las seis y cuarto de la tarde del lunes, Martín-Baró habló por teléfono con un jesuita de los Estados Unidos y le contó que "nadie podía entrar o salir de la Universidad".
Los vecinos de la UCA declararon que los soldados estuvieron durante toda esa semana en la calle del Cantábrico, que forma uno de los límites del campus de la UCA, y en la calle del Mediterráneo, paralela a la anterior.
Una vecina manifestó al Lawyers’ Committee que en la calle del Mediterráneo y otros lugares de Jardines de Guadalupe vio a hombres del batallón Belloso, unidad de élite entrenada por los Estados Unidos, desde el lunes hasta el final de la semana. Algunos jesuitas y otros vecinos vieron por la zona, el miércoles, tropas del batallón Atlacatl.
Hacia las once y media de la mañana del domingo 12 de noviembre, diez agentes de la Policía de Hacienda entraron en los terrenos del Centro Loyola, una casa de ejercicios de los jesuitas, situada a kilómetro y medio al sur de la UCA.
Esta inspección se debió a una llamada telefónica anónima que indicó que "unos delincuentes terroristas del FMLN habían abandonado armas en dicho lugar", según el informe entregado por el coronel Héctor Heriberto Hernández, director de la Policía de Hacienda, a solicitud de la Comisión de Investigación de Hechos Delictivos.
El P. Fermín Sainz, director del Centro, manifestó que los soldados llevaban a un joven maniatado que les condujo hasta las armas. Los soldados encontraron lo que podía ser el equipo de cuatro guerrilleros, apenas oculto bajo las cenizas de un montón de hojas quemadas.
Sainz subió al Centro Loyola, llamado por el personal que estaba allí, y cuenta que el subteniente que iba al mando le dijo: "No se preocupe, padre, estamos encontrando cosas como ésta por toda la ciudad". Los combatientes del FMLN, cuando huían, preferían abandonar su equipo antes que arriesgarse a ser capturados con él.
El subteniente sugirió que tal vez los guerrilleros habían pensado recuperar sus armas al día siguiente. El presidente Cristiani dijo a un grupo de jesuitas norteamericanos que le visitaron en febrero de 1990, acompañados por el Lawyers’ Committee, que "nadie pensó que (las armas) tuvieran nada que ver con los jesuitas. Vimos cosas de estas en muchos lugares. Los soldados encontraron algunas armas, pero no le pararon mente, porque los guerrilleros normalmente hacían eso".
Aunque los soldados ni siquiera insinuaron que los jesuitas fueran cómplices de la ocultación de esas armas, algunos funcionarios norteamericanos y salvadoreños se refirieron más tarde a este incidente, aportándolo como justificación del registro de la residencia de los jesuitas el 13 de noviembre. O incluso, en algunos casos, utilizándolo para dar a entender que los jesuitas estaban mezclados en el levantamiento armado.