Elizgua
Los comandos de Atlacatl en San Salvador
Durante la tarde del 13 de noviembre, el Estado Mayor decidió desplegar un "comando de seguridad" en una zona especialmente protegida, que incluyó en su perímetro a la UCA. La Escuela Militar fue el lugar escogido para el puesto de mando de esta zona de seguridad, y su director era el coronel Guillermo Alfredo Benavides. En una declaración escrita entregada al juzgado Cuarto de lo Penal el 23 de octubre de 1990, el coronel Ponce dijo que los comandantes del área metropolitana se reunieron a las dos de la tarde del lunes 13 de noviembre y decidieron llamar a la capital a parte del batallón Atlacatl para incorporarlo a este "comando de seguridad". El comandante del Atlacatl, teniente coronel Óscar Alberto León Linares, que estaba presente en la reunión, se encargó de transmitir la orden a sus hombres.
En su declaración ante el juez el 26 de septiembre de 1990 el teniente coronel León Linares dijo que el coronel Ponce le había ordenado enviar a la capital a noventa de sus hombres, más la sección de comandos, que fue puesta bajo las órdenes del Estado Mayor.
Como jefe de la Plana Mayor del comando de seguridad fue nombrado el mayor Carlos Camilo Hernández, quien, según descubrió la Comisión de la Verdad de la ONU, jugó un papel decisivo en la organización del crimen, pero sólo fue procesado por destruir pruebas.
Según el testimonio de los soldados del batallón Atlacatl (creado en 1981 y entrenado por Estados Unidos), los reunieron hacia las cuatro de la tarde y les dijeron que salieran para la capital. El oficial a cargo de la unidad era el teniente José Ricardo Espinoza Guerra, uno de los que, pocos días más tarde, dirigieron los asesinatos.
Al llegar a la capital, los comandos del Atlacatl se dirigieron a la Escuela Militar a esperar órdenes. Sin embargo, en vez de presentarse allí al coronel Benavides, los oficiales que mandaban la unidad se presentaron directamente al Estado Mayor.
Allí se les dio la orden de efectuar un registro en la residencia de los jesuitas. El hecho de que los tenientes se presentaran directamente al Estado Mayor y la unidad efectuara el registro de la casa de los jesuitas nada más llegar a la capital hace pensar que estos comandos fueron traídos a San Salvador precisamente para eso.
En su declaración escrita presentada al juzgado el 5 de septiembre de 1990, el coronel Ponce dijo que "deducía que los oficiales del Batallón de Reacción Inmediata Atlacatl se presentaron al Estado Mayor para informar de su llegada el 13 de noviembre de 1989, porque el Estado Mayor era quien había ordenado su traslado a la Escuela Militar y su destino al Comando de Seguridad".
El coronel Joaquín Arnoldo Cerna Flores, jefe del Conjunto III (Operaciones) del Estado Mayor en noviembre de 1989, declaró ante el juez, el 21 de septiembre de 1990, que el coronel Ponce y él decidieron enviar a los comandos del Atlacatl a realizar el registro porque "les pareció la unidad más apropiada", a causa de su veteranía y experiencia en combate y porque en ese momento no tenían asignada ninguna otra misión.
P. Ellacuría regresa de España
A las seis de la tarde, Ignacio Ellacuría llegó a la Universidad acompañado de Amando López y Francisco Estrada, que habían ido a buscarle al aeropuerto de Comalapa.
Ellacuría había ido a España a recibir un premio concedido a la UCA y a la vez asistir a la reunión del Consejo Superior Universitario de la Universidad Iberoamericana de Postgrado. En aquella reunión fue elegido presidente de dicho Consejo. Además, durante su estancia en Europa, pronunció un discurso ante el Parlamento alemán.
En una entrevista concedida al periódico catalán Avui, publicada en Barcelona el día antes de que fuera asesinado, Ellacuría, al preguntársele si tenía miedo ante las amenazas de muerte que había recibido, contestó: "Nunca. No tengo miedo. No es un sentimiento que normalmente me invada. ¡Sería tan irracional que me matasen! No he hecho nada malo".
Estrada recuerda que durante su regreso del aeropuerto, López le comentó a Ellacuría las amenazas de muerte transmitidas a través de la cadena nacional de radio. "Ellacuría estaba tenso y callado durante el viaje de regreso a la ciudad", comentó Estrada. "Apenas si hablaba".
Registro del Centro Monseñor Romero
Esa misma tarde, a las seis y media, treinta minutos después del comienzo del toque de queda, unos ciento treinta y cinco soldados rodearon el campus de la UCA. Su objetivo era efectuar un registro de la residencia de los jesuitas y del Centro Monseñor Romero, situados en el mismo edificio.
No menos de dos patrullas, unos veinte hombres, entraron al campus rompiendo el candado del portón peatonal que da a la calle del Cantábrico. Algunos soldados treparon por un muro.
Estos soldados entraron a la planta baja del edificio por una ventana y empezaron a abrir a patadas las puertas de las oficinas que querían registrar y que encontraban cerradas. El P. Juan Ramón Moreno se ofreció a abrirles las puertas para que no las rompieran.
El P. Ellacuría preguntó por el objetivo de la requisa y pidió al oficial que iba al mando que se identificara. Este se negó. El P. Ellacuría, en cambio, sí dijo quién era él, aunque parece que el oficial conocía a Ellacuría, Montes y Martín-Baró, pues los llamaba por sus nombres. El teniente José Ricardo Espinoza Guerra, que iba como oficial al mando de la tropa, había estudiado en el colegio de los jesuitas, el Externado de San José, cuando el P. Montes era rector, aunque éste no lo reconoció.
Ellacuría dijo a los soldados que no tenían derecho a registrar la residencia sin una orden escrita, porque el edificio pertenecía a la Compañía de Jesús y no a la universidad. Solicitó que le comunicaran con el Ministro de Defensa, pero no se lo permitieron. El oficial le respondió que, dado el estado de sitio impuesto desde el día anterior, ellos podían hacer lo que quisieran y que tenían órdenes de registrar todo el campus. En cambio, prometió no forzar las puertas cerradas y respetar a los vigilantes nocturnos de la Universidad.
Ellacuría sugirió que regresaran al día siguiente para registrar con luz de día el resto de la UCA, pero no volvieron. Montes comentó después con sus compañeros que los soldados eran del batallón Atlacatl.
Los jesuitas describieron el registro como "correcto" y dijeron que los soldados se habían comportado bien. Martín-Baró escribió que el oficial "en todo momento se comportó respetuosamente con los profesores". Comparando con registros anteriores, a los jesuitas les llamó la atención que los soldados no les preguntaran nada, ni parecieran interesados en libros o papeles. Otras veces éstos se habían pasado horas enteras revisando cualquier material escrito que encontraran, para ver si se trataba de algo "subversivo".