El coronel Benavides, de 44 años, es el oficial de mayor graduación procesado en El Salvador por un delito contra los derechos humanos. Es miembro de la Tandona, la tanda o promoción de 1966 de la Escuela Militar, a la que pertenecían los oficiales con puestos de mayor responsabilidad y poder en la Fuerza Armada.

Comenzó su carrera militar en la Fuerza Aérea. En 1984, siendo teniente coronel, fue nombrado comandante del batallón Belloso y, a continuación, del Destacamento Militar n.º 3, en La Unión, destino en el cual permaneció seis meses en 1986. En 1987, tomó el mando del Destacamento Militar n.º 5, en Cojutepeque. Al año siguiente fue destinado al mando de la inteligencia (C-2) del Estado Mayor Conjunto de la Fuerza Armada (EMCFA), donde permaneció un año, hasta que fue nombrado director de la Escuela Militar Capitán General Gerardo Barrios, el 1 de junio de 1989.

Siendo director de la Escuela Militar, situada en una posición estratégica dentro del complejo castrense, el 13 de noviembre de 1989, durante la ofensiva del FMLN, fue nombrado jefe de un comando de seguridad que incluía tanto a las instalaciones militares más importantes del país como a la UCA. Para proteger esa zona especial de seguridad fueron puestas bajo su control operacional tropas de diferentes unidades militares, incluida la unidad de comandos del batallón Atlacatl, acusada de haber cometido los asesinatos.

De los nueve acusados, es el único que no estuvo físicamente presente durante los asesinatos. Pero se le acusó de haber dado la orden a los tenientes que dirigieron el operativo. Fue el único a quien el jurado condenó por los ocho asesinatos, aunque le absolvió de los delitos de terrorismo. El juez Zamora lo sentenció a la pena máxima de treinta años, el 23 de enero de 1992. Beneficiado por la amnistía decretada por la Asamblea Legislativa después de la publicación del informe de la Comisión de la Verdad de Naciones Unidas, fue puesto en libertad, y abandonó el penal de Santa Ana el 1 de abril de 1993.

Nunca confesó su participación en los asesinatos, mantuvo su inocencia y dijo desconocer las misiones llevadas a cabo por los hombres del batallón Atlacatl en la UCA, incluido el cateo del 13 de noviembre de 1989.