El Tte. Mendoza, de 26 años, se graduó de la Escuela Militar el mismo año que el Tte. Espinoza, 1984, y fue destinado a la Brigada de Artillería. El 1 de septiembre de 1987 pasó a la Escuela Militar como jefe de sección. Fue con el Tte. Espinoza al curso para oficiales salvadoreños en la Academia de Infantería en Fort Benning, a comienzos de 1982. En 1988, regresó a Fort Benning para participar en el curso de comandos.

Fue acusado de asesinato, actos de terrorismo, proposición y conspiración para cometer actos de terrorismo y actos preparatorios de terrorismo. También se le acusó de haber participado en la destrucción de los libros de registros de la Escuela Militar.

Aunque negó su responsabilidad, las principales pruebas contra él las dio en su confesión extrajudicial.

Según ésta, el Cnel. Benavides le ordenó acompañar al Tte. Espinoza, sin decirle en qué consistía la misión a la cual lo enviaba. Cuenta cómo vio a los hombres del Tte. Espinoza rodear el edificio en el que residían los jesuitas, registrándolo todo, y cómo vio a dos mujeres sentadas en una cama. Después, escuchó disparos tiro a tiro. Otros de los imputados le atribuyen un papel mucho más activo, pues dicen que fue él quien entregó el AK-47 al soldado Amaya Grimaldi y también impartió órdenes.

Aunque negó ante el juez haber dicho lo que figura en su declaración extrajudicial, sí admitió su participación en la quema de los libros de registros, por orden, según él, del subdirector de la Escuela Militar, Tte. Cnel. Camilo Hernández, "para dar cumplimiento a una orden de carácter permanente".

El jurado, inexplicablemente, lo encontró culpable de uno solo de los asesinatos, el de la joven de quince años Celina Ramos. El juez Zamora lo condenó también por los dos delitos que no pasaron a consideración del tribunal del jurado. Pasó a cumplir su condena de treinta años en el penal de Santa Ana, de donde salió, junto con el Cnel. Benavides, el 1 de abril de 1993, beneficiado por la amnistía aprobada por la Asamblea Legislativa unos días antes.