El teniente coronel Hernández era subdirector interino de la Escuela Militar en el momento de los asesinatos. Al constituirse el comando de seguridad, se le nombró jefe de la plana mayor del mismo, pero no apareció entre los implicados en el crimen por la comisión de honor. Más tarde fue procesado por encubrimiento real, por supuesta participación en la destrucción de los libros de registros de la Escuela Militar.

En mayo de 1990, la Comisión de Investigación de Hechos Delictivos (CIHD) informó que los libros de registros pedidos por el juez habían sido incinerados por orden del Tte. Cnel. Hernández. Las declaraciones judiciales del encargado de los archivos de la Escuela Militar y del imputado Yusshy Mendoza confirmaron el hecho. En su declaración judicial del 15 de junio de 1990, el Tte. Cnel. Hernández negó haber dado la orden de quemar los libros. El 26 de junio fue acusado de encubrimiento real, por lo que el juez ordenó su detención. Los militares tardaron en llevarlo al juzgado. De hecho, no se presentó hasta el 18 de julio, momento en que su abogado defensor renunció, alegando que había recibido amenazas. Debido a esto, el Tte. Cnel. Hernández pasó a ser defendido por el mismo equipo de abogados que llevaban la defensa de los otros acusados, a pesar del evidente conflicto de intereses con el Tte. Mendoza, que era quien le había acusado de haber dado la orden de quemar los libros.

En 1987-1988, Camilo Hernández sirvió bajo las órdenes del Cnel. Ponce en la Tercera Brigada. En el momento de ser procesado, el Tte. Cnel. Hernández ocupaba el puesto de ejecutivo (segundo al mando) del batallón Belloso. Puesto en libertad bajo fianza el 31 de julio de 1990, regresó al campo de batalla y resultó herido al poco tiempo por la explosión de una mina en Chalatenango. Parece ser que después fue trasladado a un puesto menos peligroso en San Salvador.

En enero de 1992, el juez Zamora le condenó a tres años por encubrimiento real, siendo posteriormente amnistiado.